お礼状に関しては、基本的には相手が目上の場合であっても葉書と封書に区別はありません。 ただ葉書についてですと人の目に触れるということがありますので葉書に書くとこまる様な内容を含むようであれば封書でお礼状を送ると良いでしょう。 お礼状を書く際には黒のボールペンやサインペン、万年筆などを使用します。 インクだまりのあるボールペンなどは汚くなるため礼状などにはよくないとされていましたが、最近のボールペンにはインクだまりのないものも開発されてきているようです。